Najstarsza wzmianka o zamku pochodzi z Hersfelder Zehntverzeichnis. Wspomniano tam o zamku pod koniec IX wieku. W 1036 roku wymieniany jest jeden z grafów von Seeburg. Chodzi o Chrystiana, grafa von Seeburg (1016 – przed 1067), syna Gebharda I von Querfurt, znaczącej dynastii w regionie. Chrystian zapoczątkował budowę kamiennego zamku na zachodnim krańcu starego zamku chłopskiego. Olbrzymi stołp, o grubości ścian prawie sześciu metrów, zbudowany został za czasów panowania jego syna Wichmana I von Seeburg około 1080 roku.

Wnuk Wichmana I, Wichmann II von Seeburg (ok. 1116-1192) był niewątpliwie najważniejszą osobowością w rodzinie. W 1152 roku wybrany został na arcybiskupa Magdeburga. Odegrał znaczącą rolę w walkach Albrechta Niedźwiedzia przeciwko Słowianom i zwalczaniu Henryka Lwa. Po arcybiskupie Kolonii uznawany jest za najbardziej wpływowego księcia w Reichu.

Pod jego zarządem znacznie rozbudowano pałac Seeburg. Wzniesiono wtedy pierwsze międzymurze z wieżami flankującymi, tzw. „Niebieski Dom”, pałac arcybiskupa i Portenhaus. W 1172 roku Wichmann założył kolegiatę na zachodnim krańcu półwyspu. W południowej części kompleksu powstało nowe wejście wraz oddzielnym dziedzińcem.
W latach 1182-1184 Wichmann przekazał zamek arcybiskupstwu magdeburskiemu.

W 1287 roku zamek kupuje Burchard IV z rodu grafów von Mansfeld. Pod ich panowaniem zamek stał się najważniejszym późnogotyckim budynkiem w hrabstwie.

W październiku 1933 w zamku powstała szkoła NSDAP. Po wojnie rodzina Wendenburg została wywłaszczona przez sowiecką władzę okupacyjną w trakcie reformy rolnej. W części zamku powstała szkoła zawodowa, w Wieża Wdowia stała się schroniskiem młodzieżowym.

Po upadku muru berlińskiego zamek nie został zwrócony prawowitym właścicielom, ale zamiast tego sprzedany zagranicznym inwestorom. Właściciele otrzymali odszkodowania w 1994 r.

Od końca 1990 roku zamek jest w rękach prywatnych i jest wykorzystywany do różnych celów. Górny zamek należy do firmy konsultingowej, nie jest odnowiony i stoi pusty. Kościół i Wieża Wdowia należy do sadownictwa „Langels GbR” i są poddawane renowacji. Pozostałe pomieszczenia są wykorzystywane na cele mieszkalne, Urząd Stanu Cywilnego, a także na koncerty i imprezy.