Początek parafii w Lipinach datuje się na rok 1949. Stworzyli ją przesiedleni w Akcji „Wisła”, mieszkańcy bieszczadzkiej wsi Florynka. Początkowo nabożeństwa odprawiano w budynku szkolnym we wsi Stany. Cerkiew w Lipinach – wzniesiona w latach 1980–1982 – jest pierwszą świątynią prawosławną zbudowaną od podstaw na ziemiach zachodnich po II wojnie światowej. Obiekt konsekrowano w 1982. W tym samym roku metropolita Bazyli erygował samodzielną parafię w Lipinach. W 1990 cerkiew została wyremontowana i rozbudowana (wymieniono podłogę, okna, drzwi, wzniesiono wieżę–dzwonnicę). Części konstrukcyjne ikonostasu z XIX w. pochodzą z cerkwi garnizonowej w Żyrardowie.