Pierwszy raz nazwa zamek Dunajec (łac. novum castrum de Dunajecz) pojawiła się w dokumencie z 1325 zapisana jako własność rodu Jana i Rykolfa panów na Brzozowicy. Byli to wnukowie comesa spiskiego Rudygera z Tyrolu, który za nadaniem króla Węgier Andrzeja II w roku 1209 lokował Niedzice. Do roku 1470 zamek pozostawał w dobrach potomków Rudygera, a następnie stał się własnością comesa spiskiego Emeryka Zapolya. Dobra zamku niedzickiego rozciągały się na całe Zamagurze.

Początkowo zamek ten stanowił węgierską strażnicę na granicy z Polską. W 1470 przeszedł w ręce rodu Zapolyich, następnie, na okres 60 lat w posiadanie Łaskich (Hieronima, a później jego syna Olbrachta). Znany z hulaszczego trybu życia Olbracht Łaski zamek najpierw zastawił, a później sprzedał Jerzemu Horvathowi, który starannie go odbudował przekształcając przy okazji w okazałą renesansową rezydencję (w znacznej części w takiej postaci zachował się po dziś dzień). W 1858 zamek przejął kolejny węgierski ród – Salamonowie.

Po zakończeniu I wojny światowej zamek znalazł się na terytorium Polski, choć własnością Salamonów pozostawał aż do 1945. Istotny fakt z tego okresu to zachowanie w dobrach zamkowych aż do 1931 (najdłużej w Europie) szczątkowych form pańszczyzny. Od 1948 prowadzono na zamku prace restauracyjne i częściową odbudowę. W części pomieszczeń utworzono dom pracy twórczej Stowarzyszenia Historyków Sztuki, inne udostępniono do zwiedzania, tworząc muzeum wnętrz i historii regionu spiskiego. W 1960 w baszcie urządzono stację sejsmologiczną Zakładu Geofizyki PAN.

Jedną z najbardziej tajemniczych kart w historii zamku jest odnalezione, podobno tuż po II wojnie światowej, inkaskie „kipu” – rodzaj zapisu informacji pismem węzełkowym, które zawiera ponoć informacje o ukrytym skarbie. Zamek „wystąpił” m.in. w serialach telewizyjnych „Janosik” oraz „Wakacje z duchami”. W połowie lat pięćdziesiątych XX wieku kręcono tutaj zdjęcia do filmu „Zemsta” na podstawie komedii Aleksandra Fredry. Zamek jest również „bohaterem” książki przygodowej pt. „Ciotka, licho i niedzickie zamczycho”.

Dzisiaj zamek spełnia funkcje muzealno–hotelowo–gastronomiczne, będąc jedną z największych atrakcji historycznych południowej części województwa małopolskiego. Do zamku prowadzi „aleja”. Za bramą wejściową i sienią znajduje się dziedziniec zamku dolnego. W obrębie tej części zamku mieszczą się pokoje gościnne, kawiarnia, a w dawnej sali balowej restauracja. W części muzealnej można zobaczyć tzw. komnaty Salamonów, wyposażone w przedmioty z XVI–XIX w. Drewniane schody prowadzą na taras widokowy. Przez koleją bramę wiedzie wejście do zamku górnego i do zamkowych lochów, które służyły jako piwnice, a także jako więzienie (obecnie urządzono tu tzw. izbę tortur). Na skraju dziedzińca zamku górnego znajduje się studnia wykuta w litej wapiennej skale na głębokość ponad 60 m. W tzw. Izbach Pańskich na zamku górnym zobaczyć można: salę myśliwską, izbę żupną i izbę straży.

Po przeciwległej stronie Dunajca nad skarpą jeziora wznoszą się ruiny zamku w Czorsztynie.