Andrzej II, jako luteranin użyczał sal pałacowych na nabożeństwa i synody swoim współwyznawcom oraz braciom czeskim, jednak, gdy jedna z powodzi zalała nieomal wszystkie kościoły w Poznaniu udzielił również gościny katolikom, sprowadził ambonę i ławki, a ściany kazał obić kosztowną tkaniną (co było sprzeczne z ascetycznym luteranizmem, który sam wyznawał). W 1563 r. oficjalnie ukonstytuowała się polska parafia luterańska, a w 1564 r. parafia niemiecka. Po śmierci Stanisława, brata Andrzeja II, ostatniego z rodu, pałac przeszedł w ręce Wojciecha Czarnkowskiego (męża siostry Stanisława – Barbary), od którego w 1596 nabyła go Rada Miasta Poznania, która sprzedała go w 1605 benedyktynkom z Chełmna (zwanym potocznie pannami Chełmiankami), które po przebudowie zmieniły go na klasztor. Pałac pełnił tę funkcję do kasaty zakonu w 1828. Gmachy poklasztorne zostały wówczas przeznaczone na alumnat Gimnazjum św. Marii Magdaleny, a sześć lat później zostały przekazane fundacji szkolnej, założonej przez księżną Ludwikę z Hohenzollernów, żonę namiestnika Antoniego Radziwiłła. W latach 1834–1880 był siedzibą żeńskiej szkoły średniej – Szkoły Ludwiki, a następnie był wykorzystywany jako kamienica czynszowa. Liczne przebudowy zatarły jego charakter. Zamurowano krużganki, usunięto zewnętrzne ozdoby. W 1945 pałac został poważnie uszkodzony. Odbudowa z lat 1960–1967 prowadzona była na podstawie litografii z 1833 i starych fotografii. Odsłonięto wówczas renesansowe arkady na dziedzińcu oraz dwa renesansowe portale. Obecnie znajduje się w nim Muzeum Archeologiczne, które posiada najbogatsze w Polsce zbiory dotyczące starożytnego Egiptu będące depozytem z Muzeów Archeologicznych w Berlinie i Monachium. Jest wśród nich stojący na dziedzińcu obelisk Ramzesa II sprzed świątyni w Athribis. Unikatowy monolit po renowacji odzyskał piramidion wykonany z 23 karatowego złota. Inną stałą wystawą są „Pradzieje Wielkopolski”.